MA-E3xx は、RTC のアラームにより Standby 状態から Wakeupすることができます。
これにより、

• 夜中の時間帯は Standby 状態として消費電力を抑える
• 一定時間データ処理を行い、不要なときには Standby 状態として消費電力を抑える。例えば、5秒間起動、55秒間 Standby する。

といった制御が可能となります。

rtcwake コマンドを利用します。

user1@plum:~$ sudo rtcwake -h

Usage:
 rtcwake [options]

Options:
 -d, --device <device>    select rtc device (rtc0|rtc1|...)
 -n, --dry-run            does everything, but suspend
 -l, --local              RTC uses local timezone
 -m, --mode <mode>        standby|mem|... sleep mode
 -s, --seconds <seconds>  seconds to sleep
 -t, --time <time_t>      time to wake
 -u, --utc                RTC uses UTC
 -v, --verbose            verbose messages
 -V, --version            show version

For more information see rtcwake(8).
user1@plum:~$

MA-E3xx では、device (-d) と mode (-m) に指定できる引数は下記固定となります。

user1@plum:~$ sudo rtcwake -d rtc1 -m standby -s 60
rtcwake: wakeup from "standby" using /dev/rtc1 at Mon Jul 14 08:16:26 2014
user1@plum:~$

例として、2014/07/14 17:21:00 に Wakeup するよう設定してみます。
RTC は UTC で動作しているので、オプションに -u をつけるのがポイントです。

user1@plum:~$ sudo rtcwake -d rtc1 -m standby -u -t `date +%s -d "2014-07-14 17:21:00"`
rtcwake: wakeup from "standby" using /dev/rtc1 at Mon Jul 14 08:21:00 2014
user1@plum:~$

Kernel のログ (dmesg) には、下のようなログが記録されます。

[14502.800321] PM: Syncing filesystems ... done.
[14502.800457] PM: Preparing system for standby sleep
[14502.801016] Freezing user space processes ... (elapsed 0.001 seconds) done.
[14502.803089] Freezing remaining freezable tasks ... (elapsed 0.001 seconds) done.
[14502.804380] PM: Entering standby sleep
[14502.804403] Suspending console(s) (use no_console_suspend to debug)
[14502.913778] PM: suspend of devices complete after 108.703 msecs
[14502.914407] PM: late suspend of devices complete after 0.615 msecs
[14502.915159] PM: noirq suspend of devices complete after 0.732 msecs
[14502.915217] PM: Successfully put all powerdomains to target state
[14502.915217] PM: Wakeup source RTC Alarm
[14502.929177] PM: noirq resume of devices complete after 13.801 msecs
[14502.929824] PM: early resume of devices complete after 0.479 msecs
[14502.930632] net eth0: initializing cpsw version 1.12 (0)
[14502.992531] net eth0: phy found, phy addr = 2
[14503.157057] PM: resume of devices complete after 227.206 msecs
[14503.157742] PM: Finishing wakeup.
[14503.157752] Restarting tasks ... done.
[14510.342242] libphy: 4a101000.mdio:02 - Link is Up - 1000/Full